La historia nos cuenta que a mediados de mayo de 1536, anticipándose un mes a Diego de Almagro y sus huestes, el español Alonso Quintero desembarcó en la playa de Papudo. El litoral estaba ocupado en ese entonces por indígenas changos, liderados por el cacique Carande, el cual se caracteriza por una doble barbilla o papada, rasgo que motivó a los españoles a designar el lugar como Papudo, testimonios de la presencia de este pueblo quedan en los conchales de las dunas de Las Salinas de Pullally.

Posteriormente, con la llegada de Pedro de Valdivia los valles de Aconcagua, La Ligua y Petorca hasta el borde litoral quedan bajos sus dominios hasta 1552. Ocupando en la conquista del sur, el gobernador cede estas tierras a su compañero Gonzalo de los Ríos, más conocido por los méritos o faltas de su nieta, la Quintrala, que por los suyos propios.

Entre los hechos históricos de Papudo destacan dos acontecimientos: el embarque furtivo de García Hurtado de Mendoza en 1561, en dirección al Perú; el desembarque de Sir Frances Drake, en 1578, quien por cinco días descansó, comió y bebió obsequiado por los habitantes de esa costa. Su estadía en la caleta originó la leyenda del tesoro y de la Cueva del Pirata ubicada en los acantilados costeros.
En 1599 la bahía pasó a formar parte de lo que posteriormente fue la Gran Hacienda de Pullally, situada próxima a La Ligua, que se que se constituyó en puerto de salida de sus productos. Esta hacienda tenía grandes casas patronales, abarcando desde Longotoma a Papudo.

El último año del siglo XVI, todo el sector de Papudo las tierras aledañas fue dado en merced a doña Isabel Osorio de Cáceres, hija del conquistador Diego García y nuera del gobernador Bravo de Saravia. Su nieto Francisco heredó toda la propiedad, convirtiéndose en un potentado criollo que obtuvo del rey el título de Marqués de la Pica. Al morir en 1703, marquesado, hacienda y dobles pasaron a su única descendiente, Marcela de Saravia, mujer de Antonio de Irarrázabal. Desde esa fecha estas tierras comenzaron a llamarse Hacienda de Pullally, nombre que por generaciones se vinculó a los Irarrázabal y a las playas del Papudo de la época de La Conquista.

El historiador Carlos Larraín en una crónica tipo saga, nos describe así a los principales miembros de la familia Irarrázabal El marqués don Miguel, instruido, rico, virtuoso e hipocondríaco. Su heredero, el industrioso José Santiago, constructor allí de un astillero de donde salieron numerosos barcos, entre ellos el que desapareció de golpe frente a Coquimbo con todos sus tripulantes. Don Miguel Antonio, quinto marqués, valiente y luchador como un toro, cuya brevísima existencia se hizo célebre por haber dado muerte en campo abierto a un mulato sublevado y por la curiosa ortografía de sus escritos que decían hamor hinfeliz, hantonio, arruinado por su loca afición a las minas y a la reproducción. Don José Miguel, su hijo, acucioso abogado que con paciencia rehizo la fortuna familiar y los hitos de la desdibujada hacienda de Pullally. El Ilustre Manuel José, síntesis de las virtudes de sus antepasados y prohombres de la República, autor de la comuna autónoma, recordado en la principal arteria de Nuñoa, la Avenida Irarrázabal.

En 1840, el diputado Bernardo Toro presento el primer plano de Papudo, ideado por el Ingeniero Lemuhot; era una fantástica . ciudad de 870 manzanas. En 1855, el Intendente de Aconcagua, Francisco Bascuñan, apoyó el plano del ingeniero Centeno, quién proponía una población más modesta de 170 cuadras. Pese a que una ley la aprobó un científico de la época, Amado Písis, describió al puerto, años después: Situado en propiedad particular, no presenta más que algunas miserables chozas y un edificio recién construido para servir de depósito a los productos que se exportan a Valparaíso. Tres muelles se construyeron allí en años sucesivos.